社会福祉法人の所轄庁は、主たる事務所の所在地の都道府県知事です。

主たる事務所が市の区域内にある社会福祉法人であってその行う事業が当該市の区域を超えないものについては市長（特別区区長を含む。）です。

主たる事務所が指定都市区域内にある社会福祉法人にあってその行う事業が一つの都道府県のなかで複数の市町村区域にわたるものについては指定都市市長になります。

社会福祉法人でその行う事業が複数の地方厚生局の管轄区域にわたるものであって、全国を単位として行われる事業等、特定の要件を満たしたものについては厚生労働大臣になります。